Ia lantas ditetapkan menjadi Ketua Umum DPP PDI periode 1993-1998.

Pengukuhan Megawati dilakukan saat Musyawarah Nasional (Munas) PDI, yang diselenggarakan pada 22-23 Desember 1993 di Jakarta.

Namun kepemimpinan Megawati Soekarnoputri di PDI mendapat penolakan dari penguasa saat itu, yakni pemerintah Orba.

Mantan Ketua Umum PDI, Soerjadi, kemudian mengambil alih kepemimpinan PDI pada 1996 lewat Kongres di Medan.

Pada 27 Juli 1996, para pendukung Soerjadi menyerang kantor PDI yang dipenuhi pendukung Megawati di Menteng Jakarta Pusat.

Peristiwa itu dikenang dengan nama Kerusuhan Dua Puluh Tujuh Juli atau Kudatuli.

Setelah peristiwa tersebut, PDI di bawah pimpinan Soerjadi hanya memperoleh 11 kursi DPR pada Pemilu Legislatif 1997. 

Meskipun begitu, Megawati tetap mendapatkan dukungan dari kader untuk memimpin PDI hingga akhirnya rezim Orde Baru lengser pada 1998.

Setelah rezim Orde Baru lengser PDI di bawah pimpinan Megawati Soekarnoputri semakin kuat. 

Dia kemudian ditetapkan sebagai ketum DPP PDI periode 1998-2003 pada Kongres ke-V di Denpasar, Bali. 

Megawati juga mengubah nama PDI menjadi PDI Perjuangan pada 1 Februari 1999 untuk mengikuti Pemilu.

Sejak dideklarasikan pada 14 Februari 1999 di Istora Senayan, Jakarta nama PDIP yang digunakan hingga saat ini. 

Sejauh ini PDIP telah melakukan 6 kali Kongres. 

Kongres I PDIP digelar pada 27 Maret-1 April 2000 di Hotel Patra Jasa, Semarang, Jawa Tengah.

Menghasilkan keputusan Megawati Soekarnoputri sebagai Ketum DPP PDIP periode 2000-2005.